智能馬桶蓋的清洗功能可取代衛生紙，可以消除細菌、真菌。采用多種清洗方式的智能馬桶蓋，能有效清除污垢。活動噴頭前后可滿足男女不同的清洗需要。智能馬桶蓋的溫水清洗和暖風烘干，可以促進血液循環，預防痔瘡等。
智能馬桶蓋大多采用不銹鋼噴頭，每次使用后，噴頭都會噴出水流來去除污垢。目前，許多智能馬桶蓋也具有除臭功能，其原理是使用內置的活性炭等來消除異味。此外，長時間不使用時，馬桶蓋會自動降低坐環和水溫，節省能耗。
在天冷的時候，馬桶座圈的冷觸會讓人戰栗，而智能馬桶蓋的坐環可以自動加熱到人體適當的溫度。許多品牌還推出了溫控環，配備了不同的溫度檔位，根據個人喜好或地區和天氣進行調整，不再需要害怕去廁所的寒冷感覺。
